Geçmişi hakkında bugüne kadar resmi kaynakların bilgi paylaşmadığı Bağdadi, 1971'de Bağdat'ın kuzeyindeki Samarra kentinde orta halli bir ailede dünyaya geldi. Asıl adı İbrahim Avvad İbrahim Ali el-Bedri olan Bağdadi, Pakistan askeri istihbaratının eski başkanı general Hamid Gül'e göre, 1988'de Afganistan'da görüldü.

Gül, AA muhabirine mayıs 2014'te yaptığı açıklamada, 1988'de Afganistan'ın Host bölgesinde mücahit kamplarını gezdiği sırada gördüğü Arap gençler arasında, o zaman 17-18 yaşlarında olan Bağdadi'nin de bulunduğunu söylemişti.

Bağdadi, daha sonra Bağdat'taki bir üniversitede İslami Bilimler alanında doktora eğitimi aldı ve aynı üniversitede öğretim görevlisi olarak çalıştı. Bir süre Bağdat'ta bir camide imamlık yapan yapan Bağdadi, ABD'nin 2003'te Irak'ı işgali üzerine Bağdat'tan ayrılarak Enbar vilayetine giderek, burada direnişçilere katıldı.

Bağdadi'nin, Irak direnişine destek verdiği ve 2004'te Felluce yakınlarındaki bir eve yapılan baskında tutuklanarak 2009'a kadar Bağdat'ın güneyinde yer alan ve askeri cezaevi olarak kullanılan Amerikan Buka gözetim kampında tutulduğu biliniyor.

Kampta geçirdiği süre Bağdadi'nin yaşamının sonrası için dönüm noktası oldu. Bağdadi, burada tutuklu durumundaki eski Irak istihbarat görevlilerinin de aralarında olduğu pek çok isimle ilişkiler kurup bunları daha sonra devam ettirdi. ABD'li yetkililer bir süre sonra Bağdadi'yi serbest bıraktı.

Bağdadi'nin kampta tutulduğu dönem, yıllar sonra bugün bile gizemini korumaya devam ediyor. İddiayı ilk kez gündeme getiren New York Times gazetesinin ardından, ABD'deki The Daily Beast haber sitesinin, işgal sırasında Buka kampında görevli ABD subayı Kenneth King'le yaptığı röportaj konuyu daha ilgi çekici hale getirdi.

Bağdadi'nin 2009'a kadar Buka kampında tutulduğunu ve cezaevi kapatılıp mahkumların Iraklı yöneticilerin denetimine geçirilmesini takiben salıverildiğini doğrulayan King, iddiaları bir adım daha öteye götürerek Bağdadi'nin tahliye edildiği sırada kendisine "New York'ta görüşürüz" dediğini ileri sürmüştü.

ABD yönetimi iddialara hala net bir cevap verebilmiş değil. ABD Dışişleri Bakanlığı Sözcüsü Jen Psaki, 7 Temmuz 2014'teki basın brifinginde, "Bağdadi'nin ABD tarafından gözaltına aldığını teyit ya da inkar etmesini sağlayacak bilgiye sahip olmadığını" söylemişti.

Konu daha sonra Temsilciler Meclisi'ne taşınmıştı. Cumhuriyetçi Parti'den New Jersey eyaleti 4. Bölge temsilcisi Christopher H. Smith, Temsilciler Meclisi Dış İlişkiler Komitesi'ne verdiği soru önergesinde, "Hepimizin bildiği üzere Ebubekir el-Bağdadi ABD gözetimindeydi ve serbest bırakıldı" ifadesine yer verirken "Bağdadi'nin gidip IŞİD'i kurabilsin ya da örgütü yeniden oluştursun diye serbest bırakılmasına kim izin verdi?" diye sormuştu.

Dışişleri Bakanlığı, Yakın Doğu İlişkileri Dairesi, Irak ve İran'dan sorumlu Müsteşar Yardımcısı Brett McGurk bu soruya "Bağdadi'nin serbest bırakılması hakkında bilgim yok ama size bu konuda tabii ki dönüş yapabilirim. O sırada ben hükümette görevli değildim." şeklinde cevap vermişti.

Tüm bu açıklamalara rağmen ABD'li yetkililer Bağdadi'ye dair bildiklerini halen kamuoyuyla paylaşmadı.

Irak El Kaidesi'nin lideri Ebu Musab ez-Zerkavi, 2006'da Bağdat'ın Bakuba bölgesinde hava saldırısında öldürüldü. Zaman içinde örgütün isimleri ve liderleri değişirken 2010'da Irak el-Kaidesi lideri Ebu Hamza el-Muhacir, İslam devleti kurma hedefiyle, "Irak İslam Devleti" adı altında eylemlere başladı.

Irak'ta örgütün en önemli liderleri olarak bilinen Muhacir ve Ebu Ömer El-Bağdadi'nin ölümünden sonra örgütün başına şu anki lideri olan Ebubekir el-Bağdadi geçti.

Suriye'deki gösterilerin silahlı direnişe dönüşmesiyle Muhammed Culani liderliğindeki Nusra Cephesi, el Kaide'nin Suriye kolu olarak kuruldu.

9 Nisan 2013'te Bağdadi'ye ait bir ses kaydında Nusra Cephesi'nin Irak İslam Devleti'nin bir kolu olduğunu duyursa da Culani, kendilerine böyle bir emir gelmediği gerekçesiyle bu çağrıyı reddettiğini açıkladı.

Bağdadi'nin bu çağrıyı yapmasında Nusra lideri Culani'nin daha önce Irak'ta Bağdadi'ye bağlı olarak savaşmasının etkili olduğu belirtiliyor.

Bağdadi, Nisan 2013'te örgütün adını da "Irak ve Şam İslam Devleti (IŞİD)" olarak değiştirdi.